A performance dos investimentos é monitorada diariamente pela DIRIN e periodicamente compartilhada nas reuniões do COMAI e do Conselho Deliberativos e, por fim, comunicada, mensalmente, aos participantes. A carteira de investimentos de fato implementada é a Carteira Efetiva, que busca, a partir da Carteira de Referência e dos objetivos de retorno de cada plano, adicionar valor através de ajustes na alocação/exposição e diversificação em classes de ativos, por meio de  gestão interna e terceirizada.

A FAPES realiza o acompanhamento dos gestores terceirizados, com base em uma política interna de monitoramento de fundos e gestores. Uma das diretrizes desse normativo é a realização, periódica, de reuniões com os gestores, com o objetivo de acompanhar a performance dos fundos, tomar ciência de eventos relacionados aos ativos investidos, e identificar potenciais riscos e oportunidades para o segmento.